Habibie đã đi đến Delft, Hà Lan để nghiên cứu về hàng không và hàng không vũ trụ tại Đại học Công nghệ Delft Technische, nhưng vì những lý do chính trị (cuộc tranh chấp West New Guinea giữa Hà Lan và Indonesia), ông phải tiếp tục nghiên cứu tại Technische Hochschule Aachen (Đại học RWTH Aachen) ở Aachen, Đức[2] Năm 1960, Habibie nhận bằng kỹ sư ở Đức với danh hiệu Diplom-Ingenieur. Ông vẫn ở Đức như một trợ lý nghiên cứu của Hans Ebner tại Viện Lehrstuhl und Institut für Leichtbau, RWTH Aachen để nghiên cứu về tiến sĩ.[3].

Năm 1962, Habibie trở về Indonesia trong ba tháng khi nghỉ ốm. Trong thời gian này, ông đã quen với Hasri Ainun, con gái của R. Mohamad Besari. Habibie đã biết Hasri Ainun trong thời thơ ấu, trung học cơ sở và trung học phổ thông tại SMA Kristen Dago (Trường trung học phổ thông Dago Christian), Bandung. Hai người kết hôn vào ngày 12 tháng 5 năm 1962, quay trở lại Đức ngay sau đó [3]. Habibie và vợ ông định cư tại Aachen trong một thời gian ngắn trước khi chuyển đến Oberforstbach. Tháng 5 năm 1963, họ có một con trai, Ilham Akbar Habibie.

Khi mức lương tối thiểu của Habibie buộc ông phải làm việc bán thời gian, ông tìm được việc làm với thương hiệu Talbot, nơi ông trở thành một cố vấn. Habibie làm việc cho hai dự án nhận được tài trợ từ Deutsche Bundesbahn